Esta também é uma das perguntas sobre o financiamento do seu imóvel mais comuns. A resposta é que, basicamente, a principal diferença entre as duas situações é que um já tem a documentação que comprova a conclusão da sua construção, e o outro não.
O habite-se e a matrícula só são gerados quando o imóvel está pronto, finalizado. Por conta disso, o financiamento bancário, no caso das unidades na planta ou em construção, não é possível de ser feito. Isto porque as instituições financeiras exigem essa documentação que ainda não é possível obter.
Não é um impeditivo para o financiamento do imóvel. Mas ele funciona de uma forma diferente. Primeiro, ele costuma ser feito com a incorporadora, e não com o banco.
No caso de imóveis novos ou usados já prontos, o financiamento costuma ser com um banco ou outra instituição financeira. Ele já possui o habite-se e registro regularizados, e você faz a comprovação de renda normalmente.
A principal diferença aqui é a entrada, que costuma ser de 20% do valor de venda da casa ou apartamento. Também é mais rápido se mudar para a propriedade, já que no caso do que está em construção você deve esperar que essa etapa seja finalizada.